一、重金属堆积而中毒
蜂胶在生产过程中多少含有些铅、砷等重金属，虽然在制成蜂胶软胶囊之前必须要经过的提纯处理，但多数也只是将重金属含量控制在国家标准以下，有些不良厂商生产的蜂胶软胶囊甚至可能严重重金属超标，因此蜂胶软胶囊在没有必要时最好不要长期服用，以免因重金属在体内积少成多而导致重金属中毒。
二、影响胃肠消化功能
蜂胶软胶囊中含有大量的抗菌成分且有广谱抗菌效果，例如其富含的黄酮类化合物对金黄色葡萄球菌、枯草杆菌、大肠杆菌等都有不同程度的抑制作用，但与此同时胃肠道中的乳杆菌、双歧杆菌、革兰氏阳性球菌等益生菌同样会受到抑制，因此健康人群长期服用蜂胶软胶囊可能给胃肠消化功能带来负面影响。
三、破坏体内激素平衡
蜂胶软胶囊中含有一定量的激素及类激素成分，例如黄酮类化合物与雌激素结构类似并具有雌激素样活性，而保幼激素则能保持幼虫的性状和促进成虫卵巢的发育，因此健康人群长期服用蜂胶软胶囊可能导致体内激素失衡，尤其对孕妇(刺激子宫而引起宫缩)及婴幼儿(影响正常的生长和发育)的危害最为明显。
总结：蜂胶软胶囊并不是完全没有毒副作用，只是毒副作用相对较小且不明显而已，因此对于有特殊需要的人群而言可长期服用，但健康人群若长期服用则反而可能对健康不利。
