一、饲养强群
尽量饲养强群是消灭巢虫最有效的办法，原因是强群中工蜂有能力控制蜂巢中巢虫的数量，而弱群中工蜂往往顾此失彼而使巢虫越演越烈，因此养蜂人要想方设法将蜂群养成强群，例如可在早春蜂群的群势较弱时合并蜂群，也可从强群中抽调封盖子脾补充到弱群中以增强群势。
二、蜂多于脾
确保蜂多于脾是控制巢虫最有效的办法，原因是工蜂感受到巢虫的威胁便会清理巢虫，若蜂多于脾则工蜂能全面清理巢脾中藏匿的巢虫，而蜂少脾多时工蜂因清理能力有限往往顾此失彼，最终导致巢虫对蜂巢的破坏越来越严重，因此养蜂人要及时抽出多于的巢脾以确保蜂多于脾。
三、清理蜂箱
保持蜂箱清洁是预防巢虫最基本的办法，原因是蜡螟交尾后往往将卵产在蜂箱底部的蜡屑处，这些卵孵化成巢虫后再爬到巢脾上蛀食巢脾，也就是说蜂箱中的蜡屑实际上是巢虫的滋生地，因此养蜂人要及时清理蜂箱中堆积蜡屑，尤其是蜡螟交尾高峰期要时刻保持蜂箱内部的清洁。
四、灭杀幼虫
及时灭杀幼虫是预防巢虫最有效的办法，原因是蜡螟以藏匿在蜂箱中的幼虫越冬，同时越冬期也是蜂群的自然断子期，因此养蜂人可抓住巢虫生命史上这个薄弱环节灭杀幼虫，例如可在越冬期彻底的给蜂箱和巢脾进行一次消毒，有条件的还可将其替换成已消毒杀菌的蜂箱和巢脾。
五、药物防治
1、巢虫清木片可防治巢虫且对蜜蜂无副作用，特点是用法简单且长期有效，只需要将其悬挂在蜂箱中即可。
2、巢虫净是专门用于防治巢虫的药物，特点是效果彻底且生效迅速，若巢虫危害严重可用巢虫净兑水喷洒。
3、二氧化硫或甲酸等对巢虫和蜡螟卵都有较强的杀伤力，因此在巢虫高爆发期可用二氧化硫或甲酸来熏蒸。
