一、科属不同
1、木薯：木薯是全球第六大粮食作物，也是是三大薯类作物之一，别称树薯、树葛等，在生物学分类上属于植物界、被子植物门、双子叶植物纲、大戟目、大戟科、木薯属直立灌木。
2、红薯：红薯是全球第四大粮食作物，学名番薯，别称红苕、地瓜、甜薯等，在生物学分类上属于植物界、被子植物门、双子叶植物纲、管状花目、旋花科、番薯属一年生草本植物。
二、形态不同
1、木薯：木薯是直立灌木，高1.5～3米；块根圆柱状；叶纸质，近圆形，掌状深裂几达基部，裂片3～7片；托叶三角状披针形；圆锥花序顶生或腋生；苞片条状披针形；花萼带紫红色；蒴果椭圆状；种子三棱，具斑纹；花期9～11月。
2、红薯：红薯是一年生草本植物，块根圆形、椭圆形或纺锤形；茎平卧或上升；叶宽卵形，全缘或3～5裂；聚伞花序腋生；苞片小，披针形；萼片长圆形或椭圆形；花冠粉红色、白色、淡紫色或紫色；蒴果卵形或扁圆形；花期7～9月。
三、产地不同
1、木薯：木薯原产于巴西，广泛栽培于热带及亚热带地区，我国于19世纪20年代引入，现福建、台湾、广东、海南、广西、贵州、云南等地均有栽培，尤以广东、广西等地最常见。
2、红薯：红薯原产于南美洲及大、小安的列斯群岛，最早种植于墨西哥、哥伦比亚一带，由西班牙人携至菲律宾等国栽种，约在明朝万历年间传入中国，现全国各地普遍都有栽培。
四、毒性不同
1、木薯：木薯全株有毒，毒性主要源于亚麻苦苷，亚麻苦苷在酶或弱酸的作用下可分解成氢氰酸，氢氰酸有一定的毒性，能抑制组织细胞内酶的活性，必须经漂浸处理后才可食用。
2、红薯：红薯全株无毒，块根富含蛋白质、脂肪、多糖、矿物质、维生素等营养物质，可熟食或生食，还可加工淀粉或饲料，茎叶可作蔬菜食用(嫩茎叶)，又可作禽畜的青绿饲料。
