一、怕光
巢虫有怕光的特性，尤其是阳光照射下巢虫往往因怕光而爬到巢脾背光的一面，但成虫蜡螟却有趋光性，因此利用黑光灯诱杀蜡螟也是防治巢虫的重要办法，具体做法将黑光灯设计成内外两层，其中外层孔格稍比蜜蜂个头小以防止蜜蜂扑灯，而内层则接入电源以灭杀被灯光所吸引的蜡螟。
二、怕冷
巢虫有怕冷的特性，例如气温低于-7℃时巢虫便会因受冻而死亡，事实上冬季也是防治巢虫最有力的时机，原因是蜡螟以幼虫越冬且幼虫多藏匿在巢脾或蜂箱的缝隙处，此时只需将巢脾或蜂箱放在-7℃以下的环境下即可灭杀巢虫，另外春夏两季巢虫危害严重还可通过冷冻巢脾来控制巢虫。
三、怕热
巢虫有怕热的特性，若温度超过50℃则各个发育阶段的蜡螟都将被杀死，加之巢脾的熔点一般都在62～67℃之间，因此巢虫危害严重时可将巢脾加热至50℃以灭杀巢虫，而且高温灭杀巢虫时对尚未孵化的虫卵一样有效，但温度一定要控制在60℃以内，否则巢脾在高温环境下会融化成蜂蜡。
四、天敌
巢虫有很多的天敌，实际上很多微生物和昆虫都是巢虫的天敌，其中微生物类天敌有球孢白僵菌、苏云金芽孢杆菌、核型多角体病毒、线虫等，而昆虫类天敌则有蜡螟绒茧蜂、麦蛾绒茧蜂、蜡螟大腿小蜂、红火蚁、大头蚁等，例如巢虫高发期释放培育的寄生蜂可起到控制巢虫数量的作用。
五、强群
巢虫主要危害弱群，事实上强群对巢虫有天然的抵抗力且群势越强抵抗力也越强，例如强群中的守卫蜂能有效防止蜡螟潜入蜂巢中产卵，而且强群中的护脾工蜂也能及时清除蜂巢中的巢虫，因此饲养强群是防治巢虫的不二之法，尤其在巢虫危害高发期一定要确保蜂多余脾或至少蜂脾相称。
综上所述，巢虫是所有中蜂养殖者都极为头疼的事情，但自然界中也存在很多令巢虫害怕的东西，例如50℃以上的高温能将巢虫和虫卵杀死，而蜡螟绒茧蜂则可寄生于巢虫并使其死亡。
