一、少量巢虫
蜂箱里有少量巢虫可人工处理，具体做法是提出有巢虫的巢脾，并用镊子将巢脾上的死蛹全部夹出来，然后仔细观察巢房底部，若藏匿得有巢虫就夹出来，这样处理后可大大减少巢脾上巢虫的数量，剩下的巢虫可交给工蜂自行处理，只需要勤打扫蜂箱底部的蜡屑即可。
二、中量巢虫
蜂箱里有中量巢虫可隔离防控，具体做法是将有巢虫的巢脾提到蜂箱一侧，然后用隔王板将蜂群分隔开，但工蜂仍可自行在蜂箱两侧通行，等有巢虫一侧的幼蜂全部出完后将空脾提出来，巢脾受损不严重可喷施杀虫剂后留用，若巢脾受损严重则要焚烧后换一张新巢脾。
三、大量巢虫
蜂箱里有大量巢虫要更换巢脾，具体做法是将蜂箱搬离后放置一个新蜂箱，然后将蜂王和工蜂全部抖落在新蜂箱中，接着从其他蜂群中抽调部分卵虫脾和封盖子脾，最后在蜂箱的巢门上安上防逃片防止蜂群飞逃，之后一段时间要坚持奖励饲喂以促使蜂群快速恢复群势。
四、防治措施
1、清理蜡屑：清理蜡屑能有效防止蜂箱中生巢虫，事实上巢虫最开始是在箱底或蜂箱缝隙处孵化的，孵化后的巢虫会想方设法爬到巢脾上去蛀食蜡质，及时清理掉落在箱底的蜡屑可明显降低巢虫滋生的可能性。
2、饲养强群：饲养强群是防治巢虫最有效的办法，原因是强群对巢虫有极强的抵抗力，因此养蜂生产中一定要想办法将蜂群养成强群，例如蜂群育虫积极性低时可适当奖励饲喂以刺激蜂王产卵和激励工蜂育虫。
3、喷洒药物：巢虫危害严重时可以采用药物防治，例如可用二硫化碳、甲酸、二氧化硫等熏闷巢脾和蜂箱，也可在蜂箱内悬挂巢虫清木片诱使巢虫啃食，还可向受害巢脾喷洒巢虫净、巢虫清灭灵等巢虫专用药。
