一、科属不同
半枝莲与半边莲的科属不同，其中半枝莲是植物界、被子植物门、双子叶植物纲、唇形目、唇形科、黄芩属多年生草本植物；而半边莲则是植物界、被子植物门、双子叶植物纲、桔梗目、桔梗科、半边莲属多年生草本植物。
二、茎部不同
半枝莲与半边莲的茎部不同，其中半枝莲的茎直立，高12～35厘米，四棱形，基部组1～2毫米，无毛或在序轴上部疏被紧贴的小毛，不分枝或具或多或少的分枝。而半边莲的茎细弱，匍匐，节上生根，分枝直立，高6～15厘米，无毛。
三、叶片不同
半枝莲与半边莲的叶片不同，其中半枝莲的叶具短柄或近无柄，叶片三角状卵圆形或卵圆状披针形，先端急尖，上面橄榄绿色，下面淡绿色，有时带紫色；而半边莲的叶互生，无柄或近无柄，叶片呈椭圆状披针形至条形，全缘或顶部有明显的锯齿。
四、花朵不同
半枝莲与半边莲的花朵不同，其中半枝莲的花单生于茎或分枝上部叶腋内，苞叶椭圆形至长椭圆形，花梗被微柔毛，花冠紫蓝色，花果期4～7月；而半边莲的花通常1朵，生于分枝上部叶腋，花梗细，花冠粉红色或白色，花果期5～10月。
五、功效不同
半枝莲与半边莲的功效不同，其中半枝莲味辛、苦，性寒，归肺、肝、肾经，有清热解毒、化瘀利尿等功效，可用于疔疮肿毒、咽喉肿痛、跌扑伤痛、水肿、黄疸、蛇虫咬伤等症；而半边莲味辛，性平，归心、小肠、肺经，有清热解毒、利尿消肿等功效，可用于痈肿疔疮、蛇虫咬伤、臌胀水肿、湿热黄疸、湿疹湿疮等症。
