一、对蜜源的要求不同
蜜源植物实际上是决定蜂蜜品质最重要的因素，普通蜂蜜对蜜源植物并没有什么严格的要求，只要能给蜜蜂提供可采集的花蜜(植物蜜腺分泌的液体)即可，而有机蜂蜜则要求蜜蜂不能采集转基因植物的花蜜，更不能是人工给蜂群饲喂糖浆或其他饲料生产的蜂蜜。
二、蜂蜜成熟度有区别
蜂蜜因酿制成熟度不同有成熟蜜和未成熟蜜(俗称水蜜)两种，其中有机蜂蜜是完全由蜜蜂酿制成熟并已用蜂蜡封盖的蜂蜜，而普通蜂蜜则大多数是浓缩蜜(水蜜经蜂蜜浓缩机浓缩而成)，因此有机蜂蜜一定是自然成熟蜜(普通蜂蜜则未必完全是由蜜蜂酿制成熟的)。
三、是否允许使用蜂药
蜜蜂在养殖过程中难免会受到各种病虫害的侵扰，对此蜂农往往用各种蜂药来防治蜜蜂的这些病虫害，一旦使用蜂药后蜂群酿制的蜂蜜便不能再称作有机蜂蜜了，也就是说有机蜂蜜是绝对禁止使用任何蜂药的，而普通蜂蜜则允许有限制的使用蜂药来防治病虫害。
四、能不能使用添加剂
蜜蜂本身是不需要任何添加剂的纯天然食品，但有些商家或蜂农为了达到某种目的往往也会用添加剂，也就是说在普通蜂蜜中可能含有增稠剂及防腐剂等添加剂，而有机蜂蜜对添加剂的要求则非常严格，实际上蜂蜜中不管含有何种添加剂都不能再称作有机蜂蜜。
总结：有机蜂蜜和普通蜂蜜都是蜜蜂采集植物花蜜酿制的，但有机蜂蜜则指完全自然状态下蜜蜂酿制的成熟蜜，此外目前蜂蜜乃至所有蜂产品都已不再实施有机认证。
